無論在運輸、安裝及使用過程中，空氣過濾器都要按照要求嚴格進行。在使用一段時間后，因濾料表面捕集了灰塵，從而使過濾器的效率和阻力下降，影響了送風的潔凈度，此時需要及時替換過濾器。

空氣過濾器按照過濾的效率，可以簡單劃分為初效空氣過濾器，中效空氣過濾器和高效空氣過濾器。空氣過濾器本身是不可以維修的，如果發生破損了空氣過濾器就宣告報廢了，所以要定期、精心地進行清洗及替換。對于不同類別的空氣過濾器，采用不同的清洗方法，一般情況下，初中效的空氣過濾器清洗時不宜過3次。空氣過濾器維護與保養要定期合理保養，這樣可以增加使用壽命。

空調系統中所使用的空氣過濾器在經過一段時間運行后，其容塵量和空氣阻力都會達到其允許的大值。此時，過濾器就必須要進行替換，否則潔凈空調系統將無法正常運行，致使送風量減小，風速和換氣次數不足，潔凈室也將不能達到使用現象。在對高效過濾器拆除之前要對室內的設備等采取保護措施，末端空氣過濾器拆除中和拆除后，風道、靜壓箱等處積存的灰塵落下對設備和地板造成污染，在替換潔凈空調系統中空氣過濾器時應注意，潔凈空調系統中所使用空氣過濾器在什么情況下應該替換，應根據各自的具體條件決定。初效空氣過濾器和中效空氣過濾器的替換，可以在空氣阻力為初阻力值的1.5-2時進行。

高效過濾器的替換在國標潔凈廠房設計規范中規定為：氣流速度降到比較低限度，即使替換初效、中效過濾器后氣流速度仍不能增大；高效空氣過濾器的阻力達到初阻力的2；高效空氣過濾器出現無法修補的滲漏是應予以替換。這也是高效過濾器替換的三原則。

潔凈空調系統末端空氣過濾器替換非常麻煩，替換周期也較長。因此，在替換末端空氣過濾器的同時，應對系統中的所有設備進行一次大修，清理風管內的灰塵。在潔凈空調系統空氣過濾器的安裝中，對保證潔凈室潔凈度起關鍵作用的是末端過濾器。是安裝完畢末端過濾器后要進行檢漏，按部就班地安裝操作規程進行高效過濾器的安裝、檢漏、測試。

在正常使用條件下，平板、折疊式初效或中效過濾器，一般1到3月替換一下，將濾料替換下來后可以用含有清潔劑的清水浸泡、沖洗，然后涼干再換上；一般沖洗1-2次后，必須替換新的過濾器，以穩定過濾效率。

對于初中效空氣過濾器，在使用過程中，盡量不要連續運作過8個小時，而且3-6個月要替換一下；對于高效空氣過濾器，可以使用6-12個月左右。如果過濾器前后有壓差表或壓差傳感器，則對粗效過濾器，當壓差值大于250Pa時，必須加以替換；對中效過濾器，則壓差大于330Pa時，加以替換；對于亞高效過濾器，則當壓差值大于400Pa時，必須加以更換，且原過濾器不可再利用；對于高效過濾器，當過濾器的阻力值大于450Pa時；或當出風面氣流速度降到減少限度 ，即使替換粗效、中效過濾器后，氣流速度仍不能增加；或當高效過濾器表面出現無法修補的滲漏情況，均須替換的高效過濾器。