早在1996年衛生部就提出了《醫院候診室衛生標準》標準號（GB 9671-1996），并于同年9月開始實施。其中對醫院候診室的空氣質量、噪音、光照度等進行了標準的規定。醫院的空氣過濾系統也都是安裝了HEPA過濾器。

HEPA過濾器在醫院起到了重要的作用，我們知道空氣中的水滴和塵埃等微細顆粒中有細菌生存所需要的營養成份，而離開了這些營養成分，細菌是不能單獨生存的。因此空氣中的微細顆粒越多，細菌與之接觸并附著的機會越多，這樣細菌一般是通過附著在灰塵、水滴、皮屑和毛發等上面并隨之傳播；同樣，由于病毒因為無完整的酶系統，不能單獨進行物質代謝，不能在無生命的培養基上生長，有嚴格的寄生性，因此它們同樣依賴與含有營養物質的顆粒緊密結合而生存，病毒也同樣附著于灰塵，借助于灰塵作為生存和傳播的媒介。所以HEPA過濾器可以通過吸附過濾這些塵埃粒子，輸入潔凈后的空氣進入室內。

控制空氣中的灰塵是依靠過濾器進行濾除，過濾器是空氣凈化過程中的核心設備。凈化系統通常設置三個空氣過濾，在新風口、回風口，還有在系統正壓段，后面的在送風末端。過濾器種類很多，醫院目前用的比較多的就是HEPA過濾器。